Kim tự tháp của Sekhemkhet không được biết tới mãi cho đến năm 1951, nhà Ai Cập học Zakaria Goneim đã phát hiện một cấu trúc kỳ lạ có hình chữ nhật trong khi ông đang khai quật khu phức hợp của vua Unas gần đó, trước Thế chiến thứ 2. Khi bắt đầu khai quật, Goneim nhận ra rằng 4 góc ông nhìn thấy dưới lớp cát là những bức tường bao, và bên dưới là tàn tích của 1 kim tự tháp chưa được biết đến trước đây. Không mất nhiều thời gian cũng nhận ra được rằng đây là kim tự tháp thuộc Vương triều thứ 3, bởi vì kiểu cách của các bức tường với những hốc cửa giả hoàn toàn giống hệt với hàng xóm của nó, kim tự tháp Djoser[3].

Các bức tường được làm bằng đá vôi mịn và cao 10 mét[4]. Bên ngoài có khắc các văn tự như mộ của Djoser. Không rõ liệu có những đền thờ nào được tìm thấy tựa như trong khu phức hợp của Djoser hay không, bởi vì trạng thái chưa hoàn thành của nó nên khó mà biết được.

Sau khi nổi tiếng vì tìm được kim tự tháp, Goneim đã đến Hoa Kỳ để diễn thuyết. Sau khi quay về Ai Cập, mọi chuyện lại trở nên khác hẳn. Ông bị buộc tội buôn lậu một con tàu cổ có giá trị được tìm thấy gần phức hợp Djoser vào 2 năm trước. Không có bằng chứng cụ thể, và cũng chỉ là những lời buộc tội và vu cáo, Goneim đã bị thẩm tra rất nhiều lần[5].

Do những phiền nhiễu và lo âu cộng thêm nhiều áp lực, Zakaria Goneim đã lao mình xuống dòng sông Nin tự tử vào ngày 12/1/1959, cuộc khai quật đã bị đình trệ[4]. Năm 1963, Jean-Philippe Lauer đã tiếp tục công việc dở dang của người bạn để truy tìm xác ướp bị mất trong ngôi mộ kim tự tháp này[6].